Kanuni Sultan Süleyman'ın süt kardeşi Şeyh Yahya Efendi'nin medfun olduğu ve bugün cami, dergâh olarak kullanılan tarihi mekânda restorasyon çalışmaları sona erdi.

Cami, tevhidhane, Güzelce Ali Paşa Türbesi, Yahya Efendi Türbesi ve meşrutalar adeta baştan aşağıya yenilendi. Türbenin duvarlarından yüzlerce yıllık dua yazıları gün yüzüne çıkartıldı. Kayma tehlikesi geçiren cami ve türbe, sabit hale getirildi. Yılların yıprattığı ahşap yapılar da sağlamlaştırıldı. Şehzadeler Türbesi ve Kütüphane bölümleri de restore edildi. Beşiktaş'taki Yahya Efendi Dergahı'nın restorasyonu için 5 milyon 114 bin lira harcandı. Başbakanlık Vakıflar İstanbul 1. Bölge Müdürü İbrahim Özekinci'ye göre, karşılaştıkları en önemli problem, caminin güney bölümüne doğru zemininde olan kaymalardı. Özekinci, "Ön tarafa kazıklar çakılarak ve perde betonlar dökülerek caminin deniz tarafına bakan bölümünün kayması engellendi. Restorasyonun en önemli tarafı da bu bakımdan caminin stabil hale getirilmesi oldu." şeklinde konuştu. Sıvaların altından tarih çıktığını söyleyen Özekinci, "Türbenin iç ve dış duvarlarında ziyaretçilerin yazdığı notlar olduğunu gördük. Bunların tercümeleri, sanat tarihi ve sosyal tarih açısından bize bilgi verecektir." dedi.